Laboratórium SEM (scanning electron microscopy) je vybavené elektrónovým mikroskopom JEOL JSM-6390LV. Študujeme leštené výbrusy, nábrusy alebo vyseparované preparáty (do veľkosti niekoľko cm). Vodivý povrch vzoriek je zabezpečený vákuovým naparením tenkej uhlíkovej alebo zlatej vrstvy, pokovovačka je k dispozíci. Základným princípom prístroja je bombardovanie vzorky zväzkom urýchlených elektrónov. Pri interakcii elektrónového lúča so vzorkou dochádza k emisii sekundárnych elektrónov, odrazených elektrónov, rtg žiarenia a viditeľného svetla.
Elektrónový mikroskop je vybavený detektormi na ich zachytenie:
- sekundárne elektróny (SE). Pomocou SE skúmame povrch vzorky. Majú nízku energiu a sú uvoľnené z veľmi malej hĺbky. Využívame ich na štúdium povrchu vzorky, morfológiu častíc, identifikáciu mikrofosílii atď. Pre tento typ štúdia je vhodné preparáty napariť zlatom.
- odrazené elektróny (BSE). Obrazy tvorené BSE poskytujú predstavu o chemickom zložení vzorky. Generujú sa z väčších hĺbok. Ich intenzita závisí od chemického zloženia. Čím vyššie atómové číslo tým jasnejší obraz. Pomocou BSE skúmame zonalitu minerálov, vzťahy jednotlivých minerálnych fáz, ich distribúciu.
- charakteristické rtg žiarenie, ktorého energiu využíva energiovo-disperzný systém EDS, slúžiaci na rýchlu identifikáciu chemických prvkov. Elektrónový mikroskop je vybavený EDS detektorom OXFORD Instruments INCA x-act.
- katódoluminiscenia (CL) je emisia viditeľného svetla zo vzorky excitovanej elektrónovým lúčom. Mikroskop je vybavený prístrojom HORIBA FCLUE/MHRA, ktorý pozostáva zo zrkadla, spektrografu s dvoma difrakčnými mriežkami a dvoch detektorov PMT – fotonásobič a CCD v spektrálnom rozsahu UV-Vis-NIR. Katodoluminiscenčný obraz využívame pri dokumentácii napr. prírastkových zón navonok chemicky homogénnych minerálov, na rozlíšenie minerálov, ktoré majú približne rovnaké optické vlastnosti, rozlíšenie rozličných generácií minerálov (obr. 6) – kremeň, karbonáty, charakteristika štruktúry a vnútornej stavby vzorky, stanovenie prítomnosti niektorých stopových prvkov a ich umiestnenia (kryštálová mriežka, sorpcia na povrchu), identifikácia drobných štruktúr (napr.žilky, praskliny) a brekciácie.